1. nanoLC/ESI-QTOF質量分析システム（島津製作所製 LCMS-9050・Thermo Fisher Scientific社製 Vanquish Neo）
液体サンプル中のタンパク質・ペプチドの精密質量データを得ることができます。主に微量タンパク質のショットガンプロテオミクス等に利用できます。データ依存的取得法（DDA法）とデータ非依存的取得法（DIA法）に対応しています。

2. MALDI-TOF型質量分析装置 （ブルカージャパン株式会社製、ultrafleXtreme）
微量のタンパク質、ペプチドの精密質量データからアミノ酸配列を同定することができます。また、様々な合成化合物等の精密質量を決定することができます。

3. ESI-IT型質量分析装置（ブルカージャパン株式会社製、amaZon ETD-OF）
ナノLCのnanoEluteも装備していますので、ショットガンプロテオミクス等に利用できます。

4.生体分子間相互作用解析装置（グローバルライフサイエンステクノロジーズジャパン株式会社製、Biacore X100）
標識をせずに生体分子間の相互作用をリアルタイムでモニタリングすることができます。