第1期中期計画（平成16年度～21年度）では、次の3つの研究課題を設定し、それぞれ研究チームが編成されています。
日本文化を文学・歴史・芸術・思想等の諸領域にわたる総体として捉え、諸外国文化との比較を通して固有性を探求する。
地理情報システムなどの空間情報科学を用いて、歴史学や考古学をはじめとする人文科学研究を推進する。
ジェンダーの多様性・普遍性・可変性を多角的に分析し、独自のジェンダー教育プログラムの立案を含む学際的研究を行う。
平成19年度には、これら3大プロジェクトの成果を集約する企画の一環として、人文学フロンティア2007という名称のもとで公開講座やシンポジウムを開催しました。
