受託DNAシーケンス反応


















サンプルを持ち込んでもらえれば、それ以降のシーケンス反応、エタ沈精製、泳動、解析を行います。
反応には基本的にBig dye terminator v3.1を使用します。(解析不能のリスクのある短いサンプルはv1.1を使うことがあります)

GC-rich、GT-rich等が解っている場合は予約時にお知らせください。
サーマルサイクラーのプログラム変更で結果が改善される可能性があります。
(特に指示の無い場合は通常のプログラムで行います)
 

料金:1サンプル1,500円

納期は、約1週間(最長)
泳動予定日の前日12時までに持ち込まれると最短(2日)です。

200base以下の場合、3130xlでトライして解析不能の場合、3100または310で泳動します。
再泳動の場合、結果の納期が遅くなります。

学内便(室温輸送)での輸送が可能です。

テスト用に共同実験室でユニバーサルプライマー(M13F(M4),M13R,T7promoter,T7terminator,SP6promoter)購入しました。
反応シーケンスで必要な方はご相談下さい。(M13以外は少量しかありません)

使用できるプライマーは以下の配列のものになります。
M13 Primer M4 d (GTTTT CCCAG TCACG AC)
M13 Primer RV d (CAGGA AACAG CTATG AC)
T7は元情報のページがなくなったので正確な配列がわかりません。
(Takaraで販売されていたものです)
SP6promoter (GATTTAGGTGACACTATAG)


申込手続き

始めに泳動予定日を確認し、メールで受託シーケンスの申込みを行って下さい。
    ↓
泳動予定日 (ここからメール送信できます)
 

受付が完了したら泳動前日12:00までにサンプル、申込依頼書(PDF)共同実験室受付事務室まで持ち込んで下さい。
(学内便でのサンプル受け渡しも可能です。学内便の場合、泳動日前日12:00までに到着するよう早めに出して下さい。)
支払い経費についてはこちらをご覧下さい。

200base以下の方は依頼書に必ずおよそのbase数を記入して下さい。
(200base以下の場合、PRISM 3100を使用する場合あり。)

あとは結果を待つだけです。
泳動日翌日に解析を行い、波形データのプリントと解析データを送付します。
プリントアウトの希望が多いので送付可能な場合はプリントを送付します。
プリント不要の方は依頼書のプリントアウト不要にチェックを入れてください。

データファイルを開くとこのように見えます。

Data変換、Viewer soft


サンプルの持ち込み状態

*DNAテンプレート、Primer を mix 後、Total 14ul にして 0.2ml-PCRチューブで持ち込んでください。
  (チューブ形状は連結チューブ、1.5mlチューブ、96well PlateでもOKです。)

*必要なDNA量はテンプレートの長さによって変わります。詳しくはこちらをご覧下さい。
(Plasmidの長さはベクターに組み込み後の全長の長さで見て下さい)

200base以下のサンプルは依頼書の備考におよそのbase数を記入してください。

*PrimerのTmは50℃以上(55℃以上推奨)でお願いします。
(50℃付近ではまれに反応しない場合があります)

*基本的に標準プロトコール以外の反応は行いません

参考資料


予約はmailのみ。(電話での依頼は基本的にお断りします)
確認後、サンプルを持ち込んでください。

こちらからメールしてください。
 

データ保存用メディアについて
データ保存用メディアはCD-Rを推奨します。
CD-RWメディアは相性問題が多いので原則使用禁止にします。

USBはウイルスチェックをきちんとされているものは使用可能です。
(ウイルス感染した場合はPC全体を初期化して対応します。
全てのユーザーに影響がありますのでそのリスクをご理解の上、使用して下さい。)

メール添付でのデータ送信も可能です。
依頼書のメールアドレス欄を必ず記入して下さい。
サンプル数が多い場合、添付が巨大になるのでお奨めしません。


注意

特殊なテンプレートはKITの変更やプロトコールの変更を必要とします。
そのような操作は受託シーケンスでは行いませんので各自で以下の条件を参考に反応を行って下さい。
(変更しても改善しないことはあります)

GC-richテンプレートの場合

GT−richテンプレートの場合 事前に偏りが解っていて時間の猶予がもらえれば受託でもサーマルサイクルを変更することは可能です。
GTは改善する可能性がありますが、GCは効果がうすいようです。
 

参考LINK

http://www.iwai-chem.co.jp/products/bmr/
 

http://66.51.220.130/index.htm

http://www.biomatrix.co.jp/index.html