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DNAシーケンサー&受託シーケンス受付 
のはずがいろいろとぶら下がっています。有効活用してください。
シーケンス以外の御用の方はこちらに進んでください。

  こちらのサービスを利用する前に必ず共同実験室の利用申請をしておいてください。利用申請はこちらをご覧下さい。
 
 

 共同実験室ホームページ - 3130xl使用方法(日本語マニュアル) - 参考資料 - サーバー稼働状況 - 裏めにゅ〜 
English manual

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お知らせ   2017/04/12

5月25日に遺伝子解析セミナーを行います。

内容はリアルタイムPCRの基礎と研究アプローチの紹介になるようです。

BigDye XTerminator用モジュールを追加しました。
通常と設定が違いますので使用時は共同実験室までご相談下さい。

このホームページではPDFを多用しています。
PDFは、Adobe Readerを使用してご覧下さい。
(印刷時はA4で注釈のチェックを外して印刷して下さい。)
 

サ−ビス内容

3130xlを用いたシーケンスの解析を行います。
エタ沈を希望される方は、事前にメールください。(受託利用者は無料です)
また、使用KIT名を必ず記入ください。

従来通り一般利用も可能です。
サービス内容
一般利用

ABI 3130xl
ジェネティックアナライザー

3,000円(基本) + 2,000円(1Run毎)
 

一般利用2

ABI 3130xl
ジェネティックアナライザー

予約時は識別のため
「Prism 3100」の名称で
お願いします。
2,000円(1Run毎)
 

受託シーケンス
(泳動のみ)

1sample 800円
(バッファー代含む)
受託シーケンス
(反応込み)

1sample 1,500円
(反応Kit代含む)
読み取り(公称)
約700base

200base以下のシーケンス不可
(注4

約600base

200base以下のシーケンス不可

約700base

200base以下のシーケンス可能

(注5
<---
処理時間
1Run 約1.5時間
1Run 約1.5時間
最長納期1週間
(注5
<---
サンプルMAX
(1RUN)
Max 96本×2プレート
( 1Run 16本 )
<---
受託トータル64本まで
(受付本数をオーバーする場合、
翌週又はお断りする
場合があります)
必ず下の予定表を確認してください
<---
特 徴
キャピラリーでの16サンプル同時泳動
(サンプルを再度解析可能)
<--- <--- <---
解析日 --- ---
泳動日翌日
<---
予 約
各自で使用する場合は
事務室 又は 内線 7472
で予約
<---
予約時は識別のため
「Prism 3100」の名称で
お願いします。
予定表確認後、
メールして下さい。 (注1
予定表確認後、
メールして下さい。 (注1
使用可能KIT
(注6
 ・Big Dye terminator v1.1
 ・Big Dye terminator v3.1
 ( ・dGTP Big Dye terminator )
 ・dRhodamine
(各自で用意して下さい)
<---  ・Big Dye terminator v1.1
 ・Big Dye terminator v3.1
 ( ・dGTP Big Dye terminator )
 ・dRhodamine
(各自で用意して下さい)
 ・Big Dye terminator v3.1
(共同実験室で用意します)

 希望があればBig Dye v1.1も可
持ち込み状態、
場所等
バッファー等の消耗品
各自用意して下さい
(ポリマーのみ共有します)

機器の設置場所はここです

<---
持ち込み状態はこちらをご覧ください

 ・受託申込依頼書<PDF>(注2

 ・サンプル、申込依頼書、
 データ保存用CD-Rを
 持ち込んで下さい。

持ち込み場所はここです

持ち込み状態はこちらをご覧ください

 ・反応申込依頼書<PDF>(注2

 ・サンプル、申込依頼書、
 データ保存用CD-Rを
 持ち込んで下さい。

持ち込み場所はここです

持ち込み期限 --- ---
泳動日当日12:00まで
泳動日は予定表をご確認下さい。
泳動日前日12:00まで
泳動日は予定表をご確認下さい。
結 果
シーケンス波形、塩基配列を
CD-R、FD、USBで保存可能 (注3
(CD-Rを推奨)
データビュワーはこちら
<---
泳動日翌日に学内便で、
シーケンス波形と
塩基配列を送付します。
データビュワーはこちら
<---

注1) 電話等で予約された場合は、e-mailでの予約を優先させますのでご了承下さい。

注2) 主任教授印(支払い責任者)の印がない場合、受付けません。(トラブル防止のため)

注3) 必ずウイルスチェックをしたものを使用して下さい。ウイルス感染した場合、全てのデータを削除します。
       共同実験室職員室前にウイルスチェック用PCが設置されましたのでご利用下さい。

注4) 200base以下ではNが多発し、最悪の場合、波形が出ていても解析しない場合があります。
   (短いほど重症化します)それでも使用する場合はノークレームでお願いします。

注5) 200base以下のもので解析不能の場合、PRISM3100を使用します。持ち込み時に200base以下が判明した場合、納期が若干遅れます。

注6) キャピラリーシーケンサーでのdGTP使用は公式にはサポートされていませんが泳動する事は可能です。
   dRhodamineはPOP7環境下では使用できません。

  • サンプルは必ず、遮光し名前を記入の上、持ち込んで下さい。 
  • 200base以下のサンプルは必ず備考におよそのbaseを記入してください。 
  • Primer直後、および、最初の50base程は読めません。
  • 機械の性格上、まれにノイズがのることがあります。
    ヒートショック(リネイチャー95℃ 2min)はこちらで行います。
    最近はリネイチャー不要(精製キットによってはしてはいけないものもある)のようです。


エタ沈の精製不良でキャピラリーが分離不良を起こします。ご注意ください。
精製プロトコール

正常時のデータ   精製不良サンプルが流れた後のデータ
(500base付近から連続ピークの分離が悪くなります)
 

もっと詳しい問い合わせは、iwasa@md.okayama-u.ac.jpまで
 
 

373受託シーケンスサービスは、病態分子生物学部門(中村氏)の全面的なバックアップによって実現しました。

サンプル反応Protocolは、病態分子生物学部門(中村氏)の全面的なバックアップによって実現しました。

310受託シーケンスサービスは、第一解剖(小阪氏)の全面的なバックアップによって実現しました。

3130マニュアルは、共同実験室(礒本氏)の全面的なバックアップによって作成しました。

英語版3130マニュアルは、口腔病理(ロザリオ氏)の全面的なバックアップによって作成しました。
 
 
 




 
 
 
 

過去のHomePageのmemo

参考までに

サンプル調整Protocol(PDF Fileです。)

エタ沈でのスピンは,室温で・・・・・・etc

テンペレート(プライマー)が少ないと全くシーケンス反応が出ません(etc....)。
テンペレートが多いとシーケンスが長く読めないことがあります。(etc.......).


シーケンサーの使用は、従来どうり、各自の使用もOKですので、大量シーケンスがある場合、また度々使用される方は予約して使用ください。
(ただし310は、DNAシーケンスに特殊用途です。)


お知らせ(随時更新
サンプル波形出力PDFに対応しました。2004/4/22

大量サンプルは、各自で解析頂きますようにお願いします。
3100個人使用の利用詳細おすすめ!!
PS.5?サンプル以上は、各自で行う方が安いです。


受託でサンプル反応を行います詳細は下のURLへ、、
(エタ沈精製のみも、検討中<ご相談ください(無料)受託サンプルのみ>)
http://www6.tok2.com/home/yukiso/kyo3/dna/dnareaction.htm


310予定(特殊なサンプルのみ)
2004年10月???に。POP4マシンとして、共同実験室へ移設しました、使用に関してはお問い合わせください。
ABI310の泳動は、未定ですe-mailください(kyo3@cc.okayama-u.ac.jp)



安く大量に行う場合は各自で機械を操作してください
ABI3100利用法
 
 

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